通常情况下，短程蒸馏器是在1到0.001mbar的工作压力下完成热分离过程，其以较低的沸腾温度进行蒸馏处理，因而非常适合热敏性、高沸点物。短程蒸馏器的基本构成为：带有加热夹套的圆柱型筒体，转子和内置冷凝器；在转子的固定架上精确装有刮膜器和防飞溅装置。
同时短程蒸馏器中所配置的冷凝器位于蒸发器的中心，在蒸馏过程中，转子在圆柱型筒体和冷凝器之间旋转。分子蒸馏技术作为一种与国际同步的高新分离技术，具有其它分离技术无法比拟的优点。首先是压力降更小，其次是更新、自洁加热面，而且短程分子蒸馏器的操作温度低，一般是远低于沸点，同时真空度高，受热时间短、分离效率高等特点，因而特别适宜于高沸点、热敏性、易氧化物质的分离。
更重要的是，在使用短程蒸馏器的时候，能够有效的脱除低分子物质（脱臭）、重分子物质（脱色）及脱除混合物中杂质。而且在进行分离的过程中，属于物理分离，能够很好地保护被分离物质不被污染，特别是可保持天然提取物的原来品质。正常情况下，可以确保较高的分离程度，高于传统蒸馏及普通的薄膜蒸发器。
对于用户而言，短程蒸馏器的使用操作也非常方便，能够适应不同的分离要求。其实分子蒸馏是一种特殊的液－液分离技术，在高真空条件下，液体分子受热从液面逸出，利用不同分子平均自由程差异而导致其表面蒸发速率不同而达到分离的目的。
需要注意的是，在实际应用中，想要达到预期的效果，那么需要确保合理的系统配置。这样不仅可以保证分子蒸馏的正常运行，也可以避免不合理的投资。通常情况下，短程蒸馏器的操作真空要求较高，因此在进入分子蒸馏操作之前，要把物料中对短程蒸馏先脱去。实践证明刮板式薄膜蒸发器是理想的预脱装置，选择合式的刮板式薄膜蒸发器能保证短程分子蒸馏器（分子蒸馏）在高真空状态的正常运行。
事实上，短程蒸馏器在使用中，主要可以分为四个阶段来完成蒸馏过程的。短程蒸馏器筒体的长径比l/d通常应该根据物料性质与分离要求控制在3到6范围内，但是最后还要通过结构设计予以调整，即通过加热器与冷凝器的结构尺寸来决定。
